海の生き物の標本や漁具などの展示を通じて、「海へのいざない」をテーマに海洋生物や海と人との関わりを紹介しています。「海を知る」コーナーでは本学の歴代練習船の模型や写真のほか、練習船「海鷹丸」が1956年に第一次南極観測事業に参加した際の記録、「南極海からみた地球の生態系」についても紹介しています。「海の構成員」（生物）コーナーでは、標本や剥製、模型を展示しています。「海の利用」（漁業・養殖）コーナーでは実際に用いた道具や模型など展示しており、「海を食べる」（食品生産）コーナーでは海からの恵みを受けてきた日本の食文化について水産加工食品を紹介しています。大学の広い研究領域を反映した、多様な展示構成となっています。

　また、別館にセミクジラなど大型鯨類の骨格標本を展示している「鯨ギャラリー」があります。1909年に建造された練習船「雲鷹丸」（1998年に国の登録有形文化財に指定）は屋外に設置され、いつでも見学できます。様々な学校団体、近隣の保育園やデイサービス施設など、幅広い年代の方々に学びとレクリエーションの場を提供しています。日本が歩んできた水産業や海洋学の一端に触れられる場所、都会で海を感じる、身近な博物館です。